Kummer được sinh tại Sorau, Brandenburg (sau là một phần của Phổ). Ông nhận bằng tiến sĩ từ Đại học Halle trong năm 1831 cho bài viết toán học đoạt giải thưởng (De cosinuum et sinuum potestatibus secundum cosinus et sinus arcuum multiplicium evolvendis), và được xuất bản 1 năm sau đó.

Trong 1840, Kummer cưới Ottilie Mendelssohn, con gái của Nathan Mendelssohn và Henriette Itzig. Ottilie là họ hàng của Felix Mendelssohn và chị của ông ấy, Rebecca Mendelssohn Bartholdy là vợ của nhà toán học Peter Gustav Lejeune Dirichlet. Vợ thứ hai của ông (người ông cưới ngay Ottilie mất đi vào năm 1848), Bertha Cauer, là họ hàng bên ngoại của Ottilie. Cuối cùng, ông có 13 đứa con. Một trong những cô con gái của ông, Marie đã cưới nhà toán học Hermann Schwarz. Kummer nghỉ dạy và dừng nghiên cứu toán học vào năm 1890, rồi mất đi ba năm sau đó tại Berlin.